Sistem penjaminan mutu IAIN Ponorogo merupakan kegiatan sistemik untuk meningkatkan mutu pendidikan secara terencana dan berkelanjutan. Implementasi penjaminan mutu dilakukan melalui siklus Penetapan, Pelaksanaan, Evaluasi, Pengendalian, dan Peningkatan (PPEPP) Standar Pendidikan Tinggi (SPT). Sistem penjaminan mutu Pendidikan Tinggi terdiri atas:

1. Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) yang dikembangkan oleh Perguruan Tinggi;
2. Sistem Penjaminan Mutu Eksternal (SPME) yang dilakukan melalui akreditasi.

SPMI yang dilaksanakan oleh IAIN Ponorogo adalah menjamin pemenuhan Standar Nasional Pendidikan Tinggi (SN-Dikti) secara sistemik dan berkelanjutan, sehingga budaya mutu tumbuh dan berkembang di setiap unit kerja IAIN Ponorogo.
Menurut UU. Nomor 12 Tahun 2012 Pasal 54, dan dijelaskan kembali pada PermendikbudRisti Nomor 3 Tahun 2020, bahwa SN-Dikti meliputi satuan standar:

1. Standar Nasional Pendidikan,
2. Standar Nasional Penelitian,
3. Standar Nasional Pengabdian kepada Masyarakat.

Sistem Penjaminan Mutu Pendidikan Tinggi (SPM-Dikti) dilakukan terhadap ketiga standar pada SN-Dikti melalui 3 (tiga) kegiatan, yaitu;

1. Sistem Penjaminan Mutu Eksternal (SPME) yang dilakukan dengan menggunakan instrumen akreditasi akreditasi BAN-PT untuk Institusi dan Program Studi.
2. Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) yang dilakukan oleh IAIN Ponorogo, Serta didukung oleh ketersediaan sumber daya universitas.
3. Pangkalan Data Perguruan Tinggi (PD-Dikti) yang terintegrasi secara nasional.

Pada saat ini, perguruan tinggi diamanatkan oleh pemerintah untuk melakukan evaluasi diri secara sistemik dan berkelanjutan dengan mengutamakan mutu, baik SPMI maupun SPME yang dilakukan guna memenuhi dan/atau melampaui SN-Dikti. Dalam upaya melampaui SN-Dikti, setiap perguruan tinggi diberikan keleluasaan dan kemandirian oleh pemerintah untuk menentukan standarnya sendiri sesuai dengan kebutuhan masing-masing. Substansi ketiga sistem tersebut diharapkan berjalan di dalam perguruan tinggi secara terintegrasi, efektif, dan efisien.
Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) merupakan lembaga internal IAIN Ponorogo yang berfungsi membangun sistem penjaminan mutu akademik (pendidikan, penelitian, dan pengabdian pada masyarakat) setiap level pengelolaan : 1) Institut; rektorat, biro, bagian dan sub-bagian administrasi, 2) Lembaga & Pusat (Unit Pelaksana Teknis). Sedangkan untuk level fakultas dan program studi diselenggarakan oleh Gugus Kendali Mutu (GKM).
Gugus Kendali Mutu (GKM) merupakan perangkat penjaminan mutu yang ditetapkan oleh Rektor dan dilaksanakan oleh fakultas terhadap kinerja program studi yang terkait untuk melaksanakan proses penjaminan mutu di tingkat program studi, khususnya dalam monitoring, evaluasi dan pengendalian yang telah ditetapkan program studi dan menyampaikan rekomendasi perbaikan berkelanjutan dari pelaksanaan pendidikan dan pengajaran. GKM dalam melaksanakan tugas pokok dan fungsinya koordinatori oleh koordinator GKM Fakultas di bawah koordinasi Wakil Dekan dan LPM IAIN Ponorogo.
GKM mempunyai peran sebagai Unit Pengendali Mutu pada tingkat Program Studi yang bertugas melaksanakan proses penjaminan mutu di tingkat program studi, khususnya dalam monitoring dan evaluasi yang telah ditetapkan program studi dan menyampaikan rekomendasi perbaikan berkelanjutan dari pelaksanaan pendidikan dan pengajaran.

Adapun dasar hukum untuk untuk penyusunan Pedoman Gugus Kendali Mutu IAIN Ponorogo ini adalah sebagai berikut:

1. Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 2012 Nomor 158, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 5336);
2. Peraturan Pemerintah Nomor 4 Tahun 2014 tentang Penyelenggaraan Pendidikan Tinggi dan Pengelolaan Perguruan Tinggi (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 2014 Nomor 16, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 5500);
3. Peraturan Presiden RI. No. 75 Tahun 2016 tentang Pendirian IAIN Ponorogo;
4. Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 232/U/Tahun 2000 tentang Pedoman Penyusunan Kurikulum Pendidikan Tinggi dan Penilaian Hasil Belajar Mahasiswa;
5. Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 73 Tahun 2013 tentang Penerapan Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia Bidang Pendidikan Tinggi (Berita Negara Republik Indonesia Tahun 2013 Nomor 831);
6. Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 017 Tahun 2014 tentang Pendirian Perguruan Tinggi Negeri (Berita Negara Republik Indonesia Tahun 2014 Nomor 304);
7. Peraturan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor 62 Tahun 2016 tentang Sistem Penjaminan Mutu Perguruan Tinggi;
8. Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 3 Tahun 2020 tentang Standar Nasional Perguruan Tinggi;
9. Keputusan Menteri Agama RI. Nomor 49 Tahun 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAIN Ponorogo;
10. Keputusan Menteri Agama RI. Nomor 59 Tahun 2016 tentang Statuta IAIN Ponorogo;

Laporan Kinerja Gugus Kendali Mutu IAIN Ponorogo ini menggambarkan keterikatan, kemampuan program studi dalam mengimplementasikan sistem mutu secara berkelanjutan serta evaluasi dalam memenuhi persyaratan mahasiswa dan penerima manfaat lainnya, serta pihak lain yang relevan untuk peningkatan standar SPMI IAIN Ponorogo, terutama pada bidang pendidikan dan pengajaran.
Potensi relevansi bagi fakultas dalam penetapan Pedoman Gugus Kendali Mutu ini adalah:

1. penyelarasan tujuan dan kegiatan yang lebih baik dengan kebijakan (termasuk misi dan visi);
2. peningkatan tanggung jawab sosial dengan menyediakan pendidikan tinggi berkualitas yang inklusif dan merata untuk semua;
3. pembelajaran yang lebih dipersonalisasi dan respons efektif untuk semua peserta didik dan khususnya untuk peserta didik dengan proses dan alat evaluasi yang konsisten untuk menunjukkan dan meningkatkan efektivitas dan efisiensi;
4. peningkatan kredibilitas organisasi;
5. sarana yang memungkinkan fakultas dan Program Studi untuk menunjukkan komitmen mereka untuk menjadi efektif praktik manajemen pendidikan;
6. budaya untuk perbaikan fakultas dan Program Studi;
7. harmonisasi standar regional, nasional, terbuka, kepemilikan, dan lainnya dalam internasional kerangka;
8. memperluas partisipasi pihak yang berkepentingan;
9. stimulasi keunggulan dan inovasi.

Penetapan Pedoman gugus mutu IAIN Ponorogo bertujuan untuk:

1. Meningkatkan profesionalitas gugus mutu di lingkungan IAIN Ponorogo dalam melaksanakan tugasnya tugasnya;
2. Meningkatkan mutu akademik Fakultas di lingkungan IAIN Ponorogo;
3. Meningkatkan mutu akademik Program studi di lingkungan IAIN Ponorogo;
4. Mempercepat terwujudnya tujuan Pendidikan Nasional di lingkungan IAIN Ponorogo.

Secara garis besar pengelolaan Lembaga Penjaminan Mutu di IAIN Ponorogo diilustrasikan pada gambar berikut:

1. Tugas
Gugus Kendali Mutu mempunyai tugas merencanakan, menerapkan, mengendalikan dan mengembangkan sistem penjaminan mutu akademik Fakultas dan Program Studi yang sejalan dengan sistem penjaminan mutu internal institut, dan bertanggungjawab atas peningkatan mutu secara berencana dan berkelanjutan.
2. Fungsi
Gugus Kendali Mutu mempunyai fungsi: